Après la restauration de l'Ile de la Destinée des Bugs, un nouveau message qui n'a pas été écrit par Jiminy est apparu dans le Journal : «Leur tourment a été atténué». Fort de ce nouveau rebondissement, l'ordinateur retrouve avec succès le Sora digital, qui est inconscient dans la version digitale de la Ville de Traverse. Sora prend conscience de son nouvel environnement par Pluto, qui comme toujours, semble avoir une longueur d'avance sur tout le monde et s'éloigne dès que Sora approche. Estimant que la Ville de Traverse est corrompu, le roi Mickey envoie Sora pour vérifier la situation.

Tout en explorant la ville, Sora rencontre le propriétaire de la Boutique d'Accessoire, Cid, qui est la recherche de trois enfants nommé Riri, Fifi et Loulou, qui ne sont pas rentrés de leur enquête sur les bugs de données. Sora accepte de les chercher, tandis qu'il réparera le Journal, sa quête le mène au Deuxième Quartier, où Riri est attaqué par des Sans-cœurs. Apparemment, les enfants ont été séparées pendant leur chasse aux blocs, et c'est la responsabilité de Sora de retrouver les deux autres et de les ramener en sécurité. Comme la situation en ville est trop dangereuse pour que Riri puisse aider, à la place il donne un fragment mystérieux à Sora qu'il a trouvé dans les blocs de données. Peu de temps après, Fifi est retrouvé dans une ruelle du Deuxième Quartier. Irresponsable et impulsif, il se met en danger quand il s'enfuit sans surveillance à la recherche du fragment mystère qu'il a fait tomber, car il s'est rendu compte que les fragments que Sora recueille s'assemblent. Ne comprenant pas le danger qu'il court, Fifi suggère que Sora et lui aillent chercher les autres morceaux du puzzle fragmenté ensemble, mais il est ramené de force à la boutique de Cid, lorsqu'il tente de nouveau de s'enfuir lorsque Sora rejette son offre. De retour à la boutique, personne n'est en mesure de savoir ce que sont exactement les fragments, mais il est certain qu'en les rassemblant quelque chose devrait se passer. Suite à une piste que Fifi a donnée, Sora se dirige vers le Troisième Quartier à la recherche de Loulou, mais à la place il trouve l'homme en capuche, qui disparaît rapidement au moment où Sora lui demande s'il est la cause de la corruption. Loulou se révèle être emprisonné sous la corruption, et une fois qu'il est sauvé, il donne le troisième fragment à Sora, mais il manque encore une pièce. En fin observateur, Loulou en déduit que les fragments, une fois réunit, auront la forme d'un trou de serrure.

   

La dernière pièce lui est donnée par l'inconnu à capuche qui disparaît de nouveau sans un mot. Une fois les fragments réunis, un trou de serrure est formé, et c'est seulement en l'utilisant que Sora sera en mesure de restaurer la Ville De Traverse. Après le déverrouillage de la serrure, Sora est téléporté dans un champ de bataille spécial et il est dépouillé de certains de ses pouvoirs. Après avoir combattu plusieurs vagues de Sans-cœur, Sora atteint le Sans-cœur Rondouillard, dont la défaite sauve la ville de la corruption. Les apparitions de l'inconnu à capuche et sa réticence à répondre aux questions de Sora approfondissent ses soupçons sur le fait que l'inconnu puisse se trouver derrière ce chaos. Néanmoins, avec la sécurité de Ville de Traverse assurée, Sora est libre de partir sur d'autres mondes dans le Journal.

   

De retour au château de Disney, le moniteur que King Mickey utilise pour surveiller les événements survenant dans le Journal commence à scintiller, et le même message réapparaît une fois de plus dans le cahier : «Leur tourment a été atténué». Apparemment, chaque fois qu'une portion du Journal est corrigée un nouveau message serait donné. Soudain, l'écran montre une scène du début du voyage de Sora dans le premier jeu Kingdom Hearts : C'est lors de leur première rencontre entre lui (Sora), Donald et Dingo et la première fois qu'ils joignent leurs mains. Cependant, les événements se passent un peu différemment dont ils se rappelaient quand la caméra se tourne pour révéler Pluton passant par un portail des ténèbres en arrière-plan, ce que Dingo prend comme un signe signifiant que le Journal essaie de leur dire quelque chose. Cependant, dans un retournement de situation dramatique et choquant, les Sans-cœur choisissent ce moment pour envahir la pièce, ce qui n'aurait pas dû être possible puisque le Château de Disney est protégé contre les ténèbres (NDLR KF : La Pierre Angulaire dans Kingdom Hearts 2). S'inquiétant sur le fait que quelque chose de terrible est peut-être arrivé, le Roi Mickey tente de sortir, mais les portes se sont refermées. Donald, Dingo et lui sont piégés.