L'épisode sept commence avec Sora, Mickey et le reste du groupe observant Riku, inanimé, dont le corps est parsemé de Bugs, qui sont dû à Pat. Sora déclare alors vouloir aller sauver Riku parce qu'il ne veut pas le voir endormi pour toujours; tout le monde dit que c'est trop dangereux, mais Sora répond que c'est le seul moyen de sauver son ami. Il pointe sa Keyblade vers le corps endormi de Riku, ce qui révèle un trou de serrure à travers lequel Sora part.

   

Sora apparaît dans un nouveau monde qui est en fait constitué des données de Riku; ce monde est sombre avec une séries de données vertes se tordant et flottant à l'arrière-plan. Dès qu'il traverse la pièce,il y a plusieurs flashs de lumière et des couronnes sortent de son corps—ce sont ses habiletés, et sans elles, il est impuissant. Avant que Sora ne commence vraiment à paniquer, Riku apparait soudainement derrière lui; il est la manifestation de sa conscience qui est séparée des données. Il raconte à Sora qu'ils sont dans une partie de Riku infectée par les bugs, ce qui explique que Sora ait perdu ses habiletés; c'est un monde dangereux, et Riku, après avoir dit à Sora qu'il doit fuir, lui donne de nouvelles données. Les nouvelles données ne sont pas une partie du journal original de Jiminy mais ont été ajoutées par quelqu'un qui les a enregistré dans Riku pour les protéger. Riku dit ensuite qu'il ne doit rester aucun Bug à part dans ce dernier monde, et si Sora arrive à relier les nouvelles données, il devrait pouvoir restaurer le journal et résoudre le mystère qu'il contient; cela permettra aussi à Mickey et aux autres de retourner chez eux. Sora dit avoir assez de temps pour combattre les Bugs; Riku est impressionné devant la loyauté de Sora pour son ami, et lui dit qu'il doit d'abord retrouver ses habiletés. Une porte pour l'Île de la Destinée apparait; ce monde est fait à partir des souvenirs de Riku. Il y a d'autres mondes fait sur le même fond, et si Sora va dans chacun d'entre eux, il retrouvera ses pouvoirs.

   

L'Île du Destin est noire et rouge et remplie de Bugs, et Sora commence avec des statistiques très faibles. En combattant dans ce monde, il regagne quelques habiletés et devient plus fort, puis il peut combattre la source de la corruption et les Bugs de ce monde. Après avoir nettoyé la source, l'Île redevient normale, et Riku apparait; On comprend alors que c'est Riku qui a montré à Sora le trou de serrure dans l'Endroit Secret au début de la quête—Riku voulait donner à Sora un peu d'expérience sur le terrain. Il révèle alors que tout comme les barrières autour des mondes commençaient à s'effondrer quand les Sans-Cœurs ont commencé leur invasion, les barrières entre le monde réel et celui des données commençaient à s'effondrer également, il devait donc ramener Mickey et Cie de l'extérieur pour l'aider avec ce problème. Sans perdre de temps, Sora se presse dans les mondes restants : la Ville de Traverse, le Pays des Merveilles et Agrabah, détruisant les sources des corruptions et regagnant ses pouvoirs à chaque fois. Après qu'Agrabah soit restaurée, une cinquième et dernière porte apparait—à la fin de laquelle se trouve la source de toutes les corruptions de Riku. Avant d'y rentrer, Sora remercie Riku pour son aide. Riku répond n'avoir rien fait, mais Sora dit que si Riku n'avait pas été à ses côtés quand il a eu sa Keyblade dans la salle du réveil, il n'aurait jamais pu fait tout cela; Riku est confus et répond que la première dois qu'ils se sont rencontrés, ce fût sur l'Île du Destin, ajoutant un nouveau mystère dans cette quête: qui était l'homme dans la salle du Réveil?

   

Sans perdre de temps, Sora traverse la porte qui l'emmène dans les profondeurs de la Forteresse Oubliée. Là, il voit le corps de Riku du précédent épisode, infesté de bugs. Après un long combat, Sora le bat et retrouve tous ses pouvoirs. Après qu'il ait laissé ce monde particulier, l'écran montre un message disant “Collecte des données… Complétée à 90%.” Sora apparait de nouveau dans le monde des données de Riku, où le subconscient de Riku attend; avant que Sora ne puisse partir, l'endroit commence à trembler—quelque chose ne va pas. Il semble que quelque chose interfère avec la connexion de Riku au monde des données, et il somme Sora de partir à travers la porte qui vient juste d'apparaitre. Sora la traverse, mais apparait dans une plateforme dans un endroit rempli d'objets déformés, et il doit combattre pour avoir son ticket de sortie des données de Riku.

Finalement, Sora s'enfuit, mais Maléfique l'attend. C'est elle qui a causé la corruption de Riku parce qu'elle voulait plonger les mondes dans les ténèbres. Son plan était de maintenir Sora et Riku endormi pour toujours, et puisque son plan a échoué, elle fait une autre tentative pour battre Sora en se transformant en Dragon. Cependant, elle est battue et Sora retourne vers Mickey et le reste du groupe. Avec le journal apparemment complet, un portail pour le monde réel s'ouvre, et Mickey et sa bande le traversent. Sora et Riku sont toujours dans le monde des données, auxquels ils appartiennent. Riku dit que les données collectées durant leur voyage vont maintenant être supprimées, et que le journal va maintenant redevenir normal. Cela signifie que Sora et Riku vont être également supprimés puisqu'ils sont faits de données. Tout le monde est triste, mais le temps est venu pour la connexion entre le monde des données et le monde réel d'être coupée. Avant que cela ne se fasse, un message sur l'écran dit “Collecte des données... Complétée à 100%. La corruption tombe dans les ténèbres... Le temps du réveil approche.” Tout commence soudainement à trembler et tout le monde est frénétique et confus puisque les bugs devraient tous avoir été détruits. Riku s'apprête à verrouiller les données quand Jiminy se rappelle que Maléfique et Pat sont encore dans le monde des données, et s'ils n'en sortent pas, ils seront également supprimé du monde réel; bien qu'ils soient mauvais, ils doivent être ramenés parce qu'ils appartiennent au monde réel.

   

Sora part en courant devant la "Grande crête" à la Forteresse Oubliée, qui, comme les autres mondes, est peu à peu supprimé; des mots flottent dans les airs disant “Battu au combat, une chair errante... Offrez cette chair aux ténèbres et l'esprit devrait renaître.” Bien qu'ils semblent familier, Sora ne se presse pas et trouve Maléfique et Pat combattant un énorme Sans-Cœur, mais ils sont battus avant que Sora n'interviennent. Riku prend contact depuis l'extérieur et dit à Sora ce qu'il a compris: ce Sans-Cœur est le propre Sans-Cœur de Sora et est la cause des bugs dans le journal; chaque fois que Sora a vaincu un Sans-Cœur, les cœurs ont été consumés par ce Sans-Cœur puisque les cœurs n'étaient pas réels et qu'ils ne pouvaient pas être transformés en données. Le Sans-Cœur est puissant mais il doit être arrêté ou il pourrait aller dans le monde extérieur. A cause de la force colossale du Sans-Coeur, Sora est presque battu puisqu'il perd quelques une de ces habiletés, mais Mickey arrive vers la fin du combat et aide Sora à le défaire; ils retournent à la Forteresse Oubliée, où Riku, Maléfique et Pat les attendent. Riku arrive à mettre les deux vilains dehors à travers une faille dans les données. Il est à présent vraiment temps pour le journal d'être supprimé, et Mickey dit qu'ils seront amis pour toujours. Mickey retourne dans le monde extérieur avec le reste du groupe, et les données du journal sont supprimées.

De retour dans le monde réel, Mickey et Cie regardent l'écran de l'ordinateur quand quatre nouvelles fenêtres apparaissent; deux sont faites de données et deux autres montrent Riku devant un arrière-fond blanc, disant qu'un nouveau monde a été ouvert dans le journal, fait de nouvelles données qu'une personne inconnue a ajouté. Une nouvelle fenêtre apparait, montrant la page du journal disant : “Nous devons y retourner pour les libérer de leur tourment” et Mickey propose d'aller dans ce nouveau monde avec Sora, pour résoudre les mystères derrière ces mots, mais il se rappelle que la mémoire de Sora a déjà été supprimée. Maintenant, Mickey est le seul qualifié pour retourner dans le journal et voir le dernier monde. Le septième épisode se finit avec sa demande à Riku de retourner dans le monde des données, laissant place ainsi à toutes spéculations.