L'épisode 6 fait suite au cliffhanger de l'épisode 5, où Maléfique apparaît à Agrabah et détruit la Keyblade de Sora avant d'invoquer des sans-cœurs pour l'achever. Cependant, avant qu'ils puissent blesser Sora, Mickey et Riku arrive, du monde extérieur, et les détruisent. Maléfique a détruit la Keyblade parce qu'elle ne pensait pas le voir dans le monde des données et Pat revendique le fait d'avoir invoqué Maléfique dans le journal. Sa propre arrivée dans le journal est montrée sous forme de flashback. Maléfique avait entendu que le groupe au Château Disney tramait quelque chose donc elle a envoyé Pat les espionner. Quand Pat les observait quand Sora est parti dans la serrure affronter Darkside sur l'Île de la destinée, il fut lui aussi englouti par cette lumière blanche qui émanait de l'écran. Il se retrouva dans le journal, dans une salle blanche avec les différents mondes affichés devant lui. Après le discours de Pat, Maléfique déclare qu'elle va prendre possession des mondes du journal ; Riku va pour l'arrêter mais elle l'arrête et disparaît avec lui. Voulant récupérer Riku, Mickey et Sora retournent dans le monde extérieur pour préparer un plan.

   

De retour au Château Disney, le groupe a peur sur ce qu'il a pu arriver à Riku car il possède toutes les données du journal en lui ; des données que Maléfique pourrait tourner en ténèbres. Puisque Mickey se retrouve le seul avec une Keyblade, il fonce vers le dernier monde corrompu, la Forteresse Oubliée, après avoir dit à Sora d'attendre là. Voulant aider ses amis, Sora se faufile juste derrière lui. Il trouve
Pat qui lui dit qu'il dira où se trouve Riku seulement si Sora arrive à l'attraper. Sora, sans Keyblade ni de techniques de Debug, le poursuit à travers un labyrinthe qu'est la Forteresse Oubliée. Cependant, dès que Sora atteint le Hall d'Entrée, Pat invoque un mur de bug et de Sans-coeurs pour empêcher Sora d'arrêter “la préparation de la poupée”. Au moment où Sora pense que tout est perdu, Dingo fonce à travers les bugs, déclarant qu'un ami s'est fait pour s'entraider. Tout les deux poursuivent de nouveau Pat, ils trouvent Donald, qui fut séparé de Dingo lors de son entrée dans le journal, combattant des sans-coeurs.

   

Ils trouvent finalement Pat en train d'utiliser une grande machine dans le Grand Hall, lequel envoie des sans-coeurs et des blocs après le trio. Les blocs visant Sora, Donald et Dingo se mettent en travers de leur cible, et se retrouve piégé. Pat ne comprend pas leur sacrifice car pour lui Sora n'est qu'un être artificiel tout comme sa Keyblade et il n'a même pas de cœur. Ce en quoi Donald et Dingo contestent, et lui rétorquent que Sora en a un puisqu'il est déterminé à sauver son ami. La révélation que leurs cœurs sont reliés renforce subitement Sora et il regagne sa Keyblade dans un éclat de lumière qui détruit les Bugs et libèrent nos deux compères. Mickey arrive, et indique que quelque chose s'est réveillé au sein de Sora, un pouvoir unique né du lien entre ses amis à travers les mondes qu'il a visité. Avec ce pouvoir, Mickey dit que Sora pourra restaurer la Forteresse Oubliée ainsi que le journal. Foi de cette nouvelle confidence, Sora ordonne à Pat de lui rendre Riku, mais Pat manipule la machine et l'écran indique “Collecte des données… Complétée à 60%” ; Pat s'enfuit rapidement en sautant à travers une serrure qu'il vient d’invoquer.

   

Sora poursuit Pat à travers la serrure et le trouve ; après une longue bataille épuisant, Sora le bat finalement. Mais, Pat ayant plus d'un tour dans son sac, révèle son joker, une spirale de données vertes apparaît et Riku arrive dans son habit noir et rouge caractéristique qu'il portait quand il était possédé par le sans-cœur de Xehanort dans Kingdom Hearts. Riku n'a pas totalement sombré et avertit Sora de ne pas l'approcher parce que Pat a fait de lui sa marionnette en remplissant son corps de Bugs. Bien que Riku tente de résister au contrôle et demande à Sora de s'enfuir, il finit quand même par attaquer Sora sous les ordres de Pat. Les deux amis ont une longue et difficile bataille mais Sora finit par en sortir victorieux, et tout les deux sont renvoyés au Grand Hall dans un flash de lumière.

De retour dans le Grand Hall, Riku reste à terre, sans bouger. Il semble que Riku est fusionné avec les bugs puisqu'ils des angles bizarres qui sortent de son corps. Sora est extrêmement inquiet, mais devient rapidement confus quand sa Keyblade émet de la lumière, qui engloutit tout la pièce. Lorsque cette dernière s'amenuise, une nouvelle serrure flotte au-dessus de Riku. Surpris et choqué à la vue de la nouvelle serrure, Mickey, Dingo, Donald et Jiminy rejoignent Sora et Mickey réalise que si le corps de Riku n'est pas débarrassé des bugs, ils risquent de ne jamais se réveiller. Sora a peur pour Riku, et il sait que la serrure est le seul espoir de le réveiller de son sommeil. Maintenant avec cette lourde responsabilité sur les épaules, Sora arrivera t'il à sauver Riku, ou Riku est il condamnait à dormir pour toujours ? Sora réparera t'il le journal une bonne pour toute ?