L'épisode 3 commence avec le groupe au château Disney piégé dans la Salle des Ordinateurs par les sans-cœurs, suite à la restauration de la Ville de Traverse dans l'épisode 2. Le groupe ne sait pas pourquoi les sans-cœurs ont envahi le château puisque sa Pierre Angulaire de Lumière la protège des ténèbres, mais le journal pourrait avoir la réponse : 2 nouveaux messages sont apparus -le premier est «Leur tourment a été atténué» et le second est «Aucune porte n'est fermée à ceux qui soignent». Le premier message est assez familier et semble apparaître après la restauration d'un monde, mais le second indique que des données dans le journal de Jiminy doivent être réparées. Donald est inquiet pour le château mais le Roi Mickey dit qu'ils doivent se concentrer sur le Journal : Sora, qui vient juste de revenir de la Ville de Traverse, est montré arrivant dans un nouveau monde : Le Pays des Merveilles.

 

Le Pays des Merveilles est submergé de Bugs et Mickey en déduit que comme pour les précédents mondes, le Pays des Merveilles sera guéri si la serrure est trouvée et que la source de la corruption – qui se trouve derrière – est détruite. Juste quand il dit cela, Alice, qui est pourchassée par des sans-cœurs, court vers Sora, qui par la suite les détruit. Alice remercie Sora et ce dernier lui dit son nom, mais elle ne peut se rappeler qui elle est. A ce moment le Chat de Cheshire apparaît sur un Bug. Il dit qu'Alice a complètement perdu la mémoire et tout comme les Bugs sont éparpillés partout, sa mémoire en est de même. Sora comprend que tout le monde a perdu leurs souvenirs et que pour les regagner, il doit trouver la serrure, ce à quoi Alice répond qu'elle l'a vu mais elle ne sait plus où. Pour retrouver ses souvenirs, Sora doit “retrouver des mots de mémoire” qui sont des souvenirs sous forme de mots.

   

Les Mots de Mémoire sont dispersés sur toute la carte «dans des blocs et dans des mains», comme Chat de Cheshire l'a dit à Sora, il commence donc par trouver un des Mots de Mémoire d'Alice : son nom. Après lui avoir ramené, elle ne peut toujours pas se rappeler où la serrure se trouve mais le chat annonce à Sora que s'il les lui ramène tous, elle pourra le lui dire. L'Inconnu à la Capuche apparaît, disant que si Sora fait ceci, il «diminuera les tourments». Après avoir continué pour dire à Sora que le monde est blessé et que soigner ses blessures «ouvrira un chemin», il disparait, laissant Sora continuer sa tâche. Cette tâche mène Sora dans le Jardin Royal, dans la forêt des Lotus, et la pièce mystérieuse où il y a des obstacles qu'il doit surmonter pour avoir ses mots, dont la plupart sont des Area Debug Modes. Après avoir atteint tous les souvenirs importants, Sora retourne vers Alice au Central Plaza et elle le questionne ; après lui avoir donné les bons souvenirs, Alice emmène Sora au château de la Reine de Cœur où elle dit avoir vu la serrure. Cependant, l'Inconnu à la Capuche est montré regardant les deux personnages, disant «…La vérité se trouve derrière la serrure. les vrais souvenirs, là, avec..…»

   

La Reine est choquée à leur apparition et les accuse d'avoir volé ses souvenirs ; elle ordonne à ses gardes de les arrêter. Après avoir vu la serrure dans une cage à côté de la Reine, Sora décide de combattre les gardes et Alice s'enfuit. Il réussit et part à travers la Serrure dans un "vide" qui est une version du Pays des Merveilles corrompu par de faibles couleurs rouges et bleues ; c'est l'œuvre d'un grand sans-cœur nommé Trick Master. Après avoir battu le sans-cœur, tout le monde au Pays des Merveilles retrouve ses souvenirs, et les Bugs ont complètement disparu ; un autre «Leur tourment a été atténué» apparaît dans le journal. Cependant, le groupe au château Disney est toujours piégé dans la Salle des Ordinateurs, et sur l'écran, ils voient Sora accuser l'Inconnu à la Capuche de causer les Bugs dans le journal. L’Inconnu dit vaguement que les souvenirs et la vérité sont connectés au monde et qu'il est temps pour Sora d'apprendre la vérité, avant de repartir ; Sora le suit sur ordre de Mickey. Le groupe réfléchit à l'identité de cet Inconnu, quand ils entendent un grand coup à la porte, et soudain, Sora (digital) la traverse. Choqués et surpris, ni Sora ni le reste du groupe ne sait pourquoi il est soudainement apparu dans le vrai monde. Cependant, les choses tournent mal quand l'Inconnu à la Capuche apparaît soudainement dans la pièce. Que va-t-il se passer?