Kingdom Hearts Coded commence avec le retour du Roi Mickey, Jiminy Cricket, Donald Duck et Dingo au Château Disney après leurs aventures dans Kingdom Hearts et Kingdom Hearts II, dont l'aventure a été enregistrée par Jiminy dans deux journaux distincts. Après son retour, il feuillette les journaux pour se rendre compte que le contenu du premier journal a été complètement effacé en dehors de deux lignes : «Merci Naminé» et «Nous devons revenir pour les libérer de leurs souffrances.» Le premier message a été écrit par Jiminy lui-même après les événements de Kingdom Hearts Chain of Memories, afin que lui, Sora et compagnie n'oublieraient pas de remercier Naminé pour tous ses efforts pendant le jeu. Toutefois, personne dans le château est en mesure de se rappeler ni quand ni pourquoi la deuxième entrée a été écrite, donc Mickey a entrepris de numériser le contenu du journal pour voir se pencher sur le problème, mais dès qu'il le fait, il est confronté à des blocs noirs et rouges connu comme étant des "Bugs", qui sont en train de corrompre les données de l'univers du journal. Sachant que le seul moyen de progresser est de faire disparaître les bugs, Mickey demande au Sora digital du journal de s'en occuper.

 

Sora digital se réveille dans la salle du Réveil, et entend la voix de Mickey qui lui parle depuis le monde extérieur. Mickey lui demande de choisir parmi 3 armes : une épée, un bâton ou un bouclier - après l'avoir fait, il lui demande de rejeter une l'arme qu'il ne veut pas. (Ndlr KF : Un passage classique des Kingdom Hearts mais qui au final n'influence pas vraiment la suite de l'aventure). Cette décision prise, Sora peut enfin avoir accès à l'ensemble des mondes du Journal, lui permettant de corriger les problèmes survenant des données découvert dans le monde réel; cependant un autre problème apparaît bien assez vite suite à l'apparition d'un mystérieux message dans le journal dont l'auteur reste inconnu. Lorsque les autres lui demandent quel est ce message, Mickey leur répond simplement, «Nous devons revenir...». La clé de cet énigme est peut être lié à la soudaine apparition d'un homme en capuche, qui ne dit rien avant de disparaître, laissant apparaître un chemin vers une autre plateforme. Trouvant l'inconnu encapuchonné mystérieux, Mickey ordonne à Sora de le suivre. Sur la plateforme suivante, Sora est entouré par des Sans-Coeurs Ombres. Heureusement, la Keyblade fait une soudaine apparition entre les mains de Sora ce qui lui permet de les battre, révélant par ce fait la porte de sortie.

La porte mène à l'île du Destin du Journal, qui se trouve rempli de Bugs ; Sora est intrigué par cela car il n'en avait jamais vu ces îles avant, mais Mickey lui dit qu'ils sont des problèmes et que l'on doit les enlever, pour cela tout ce qu'il a à faire et de demander et il sera aidé. Sora demande à ces amis Tidus, Wakka et Selphie, qui sont en train de jouer sur l'île, ce qu'il en est. Selphie et Wakka disent à Sora qu'il doit les détruire, tandis que Tidus, après un combat, lui dit que pendant qu'il était en train d'inspecter les Bugs, il a aperçu l'étrange homme encapuchonné. Il poursuit en disant qu'il pense que l'inconnu peut avoir des liens avec les bugs, et qu'il a été aperçu près de la cascade, Sora part donc y enquêter. Dès qu'il y arrive, l'écran se met à trembler et il se retrouve piégé sur une grille de blocs rouge et noir par des murs invisible ; le mode "Area Debug" a été activé.

 

Après le débogage de la région, Sora poursuit la recherche de l'homme mystérieux, ce qui le conduit à la cachette secrète. Au début, il ne voit personne, mais une voix mystérieuse lui dit : «Ce monde a été blessé. Soignez ces blessures et la voie sera ouverte». L'endroit tout entier est rempli d'une lumière qui s'étend au monde extérieur où Mickey et Cie nous regardent et les mots qui ont été prononcés par la voix mystérieuse apparaissent dans le journal. De retour dans le journal, l'inconnu au capuchon apparaît devant Sora et lui dit que s'il veut guérir le monde, il doit aller au-delà de la Serrure. Il disparaît et à sa place Se trouve un trou de serrure en or, dont Mickey demande à Sora d'y utiliser sa Keyblade - dès qu'il s'exécute, Sora est emmené dans une île singulière avec un ciel sombre, dans laquelle il y a un trou rouge entouré par les ténèbres et des débris ; Mickey dit que c'est probablement la cause de la corruption de l'île et que si Sora le corrige, l'île devrait probablement revenir à la normale. Un énorme Sans-Coeurs digital - Darkside - apparaît alors et, après que Sora l'ai vaincu, il est aspiré dans le trou avec Sora. Un autre message apparaît dans le journal - «Leur tourment a été atténué». - Et Riku apparaît avec un homme en manteau brun, un portail des ténèbres s'ouvre derrière lui. Après cette scène, Jiminy panique ; il dit qu'après avoir corrigé les bugs dans le monde, tout ce qui a été perdu dans le journal devait revenir, mais rien ne se passe- ils voient quelque chose qu'il n'a jamais écrit. Les bonnes nouvelles sont que les bugs présent sur les îles de la Destinée ont complètement disparu, et que Sora réapparaît à la Ville de Traverse, terminant ainsi le premier épisode de Kingdom Hearts Coded.